ＬｉｎｋＳｔａｔｉｏｎの時間ズレの問題は確かに致命的です。
なぜもっと内部クロックの重要性を考えないのか疑問ですが
おそらくインターネット接続環境での使用を前提としており
ＮＴＰサーバーとの時刻同期ができるので無問題という考えからでしょう。
バッファローの製品すべてに言えることですが、
設計者の視野が非常に狭く独り善がりな設計思想であるため
最近ではユーザー離れが進んでいると言われています。

自分の勤める会社はＮＴＰサーバーへの接続が許可されないので、
Windows2000/XP/ＶｉｓｔａでWindows標準のタイムサービスを使っています。
ネットワーク上のある一台のＰＣをＮＴＰサーバーに決めレジストリに下記を設定します。

HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\W32Time
\Config\AnnounceFlags (REG_DWORD): 5 に変更
\TimeProviders\NtpServer\Enabled (REG_DWORD): 1 に変更

コマンドラインより
> net stop w32time && net start w32time

これで、ＰＣのCMOSの時刻を基準とするNTPサーバーができました。

同期間隔は下記のように変更します。

HKEY_LOCAL_MACHINE\System\CurrentControlSet\Services\W32Time
\TimeProviders\NtpClient\SpecialPollInterval (REG_DWORD): 同期間隔(秒)

あとは各クライアントからこのPCをＮＴＰサーバーとするよう参照します。
XPなら日付と時刻のプロパティからインターネット時刻で設定できます。
そしてＬｉｎｋＳｔａｔｉｏのNTPＳサーバーでもこのPCをＮＴＰサーバーに指定します。
今のところこの方法で問題ありません。